Sekilas Tentang Peta Genetik (seri Peta Genetik)

Peta genetika dapat dianalogikan sebagai sebuah ruas jalan yang terdiri banyak cabang/gang dan disetiap sisi jalan tersebut terdapat lokasi-lokasi tertentu meliputi gedung, perkantoran, pusat perbelanjaan dan sebagainya. Pada peta genetik, cabang/gang tersebut ibarat penanda (baca: marker) untuk mengidentifikasi letak lokasi-lokasi yang dimaksud di atas. Pada kromosom, lokasi-lokasi bisa berarti merupakan gen-gen atau putative (kandidat) gen yang diidentifikasi berdasarkan letak dan posisi penanda yang berdekatan.Semakin banyak penanda yang dipetakan pada suatu kromosom tanaman, maka semakin baik peta genetik tersebut. Melalui peta genetik, seorang pemulia tanaman dapat menentukan lokasi sebuah gen atau sekumpulan gen yang mengendalikan suatu sifat/karakter serta pengaruh gen-gen tersebut dalam mempengaruhi sifat/karakter tersebut.

Jauh sebelum penanda DNA ditemukan, beberapa penanda genetika telah digunakan sejak tahun 1910. Diantaranya, yang pertama adalah penanda morfologi atau penanda yang bersifat fenotipik (berdasarkan penampilan luar suatu individu mahluk hidup). Kelemahan penanda ini terletak pada tingkat keragaman yang rendah (baca: polimorfisme rendah). Hal ini terbukti dengan banyaknya penanda morfologi yang tidak dapat digunakan untuk membedakan genotipa dari individu-individu yang berbeda. Bahkan penanda ini sangat dipengaruhi oleh kondisi lingkungan. Hal ini sebagaimana konsep morfologi suatu individu, dimana P = G + E. Yakni, fenotipik (P) suatu individu dipengaruhi oleh factor genetik (G) dan adaptasinya terhadap linkgungan (E) tempat tinggalnya. Penanda berikutnya adalah biokimia, contoh yang paling popular adalah penggunaan isozim. Penanda ini sejak diperkenalkan pada tahun 1959 telah diguankan secara luas dalam berbagai riset penanda genetika. Namun keterbatasan jumlah isozim menyebabkan penanda ini mulai ditinggalkan seiring dengan laju perkembangan penanda DNA. Dan, sebagaimana disampaikan di awal, penanda DNA merupakan penanda paling mutahkhir. Dengan tingkat keragaman (polimorfisme) yang tinggi dan dengan jumlah yang tidak terbatas penanda DNA merupakan pilihan terbaik saat ini. Disamping penanda DNA tidak dipengaruhi oleh lingkungan dan tingkat heritabilitas yang mencapai 100%. Suatu penanda yang baik, menurut Paterson (1996) harus memenuhi 2 kaidah, yakni: (1). Penanda harus dapat membedakan dua individu/tetua yang berbeda genotipanya; (2). Penanda harus secara tepat diwariskan dan ditransmisikan kepada keturunannya.

Saat ini, penanda DNA merupakan pilihan yang tepat digunakan dalam proses penyusunan peta genetik. Beberapa teknik telah dikembangkan untuk memvisualisasikan penanda DNA. Diantaranya yang paling banyak digunakan saat ini adalah: RFLP, RAPD, AFLP dan SSR. Bahkan saat sekarang ini dengan kemajuan teknologi dan kemudahan teknik sekuensing disertai keunggulannya, muncul teknik yang disebut sebagai SNP.
(Pada tulisan berikutnya, akan dibahas mengenai konsep dasar pembuatan peta genetik, syarat sebuah peta genetik yang baik dan perkembangan terkini tentang manfaat penggunaan peta genetik dalam program pemuliaan tanaman).